На главную страницу
На главную страницу четвертого семестра

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO.

Общее знакомство со структурой GO.

Задание: Необходимо выбрать одно из ключевых слов в документе UniProt, соответствующем белку Idh_Ecoli. Необходимо выбрайть слова наиболее интересные, наиболее подробно описывающие функцию белка. На главном сайте консорциума GO, провести поиск выбранного термина среди терминов GO.
Результаты:
1. Термин:isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity (изоцитрат дегидрогеназа)
2. Идентификатор Go:GO:0004450 :
3. Количество синонимов: Нет
4. Определение термина: Катализ следующей реакции:
Isocitrate + NADP+ = 2-oxoglutarate + CO2 + NADPH + H+.
изоцитрат + НАДф(+)= 2оксоглутарат + 2СO2 +НАДф(H) + H+.
5. Количество родителей: 1 (is_a связь)
6. Количество дочерних терминов: нет
7. Граф.
Наглядного различия терминов is_a и part_of на основании полученного графа представить невозможно, так как в нем отсутствуют связи part_of.
Связь is_a устанавливается в случае, если дочерний термин является частным случаем родительского, причем родительский полностью содержит в себе дочерний.
Связь "A part_of B" означает, что А — часть В, но В необязательно содержит А.

Исследование качества аннотации функции у белков Arabidopsis thaliana, локализованных в аппарате Гольджи.

Протеом Arabidopsis thaliana.
Результаты поиска в UniProt, 20.05.2006г.

Количество белков Запрос в SRS

Всего 49557
(([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*])

С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 5346
((([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) & (((([uniprot-DBxref:C:*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) | [uniprot-DBxref:C: P: F:*])

В том числе локализованных в аппарате Гольджи 11
((([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) & ((([uniprot-DBxref:C:Golgi apparatus*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*])

В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (TAS/IDA) 27 ((((([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) & ((([uniprot-DBxref:C:*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) > parent )) & ([uniprot-DbName:GO*] > parent )) & ((((((((([uniprot-DBxref:TAS.*] | [uniprot-DBxref:IDA.*]) ! [uniprot-DBxref:IMP.*]) ! [uniprot-DBxref:IGI.*]) ! [uniprot-DBxref:IPI.*]) ! [uniprot-DBxref:ISS.*]) ! [uniprot-DBxref:IEP.*]) ! [uniprot-DBxref:NAS.*]) ! [uniprot-DBxref:IEA.*]) > parent )) " found 27 entries

В том числе только с самыми плохими доказательствами функции (IEA) 5278 ((([uniprot-Organism:Anopheles] & [uniprot-Organism:gambiae]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae]) & (((((((((((([uniprot-DBxref:C:Golgi apparatus] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:IEA.]) ! [uniprot-DBxref:IMP.]) ! [uniprot-DBxref:IGI.]) ! [uniprot-DBxref:IPI.]) ! [uniprot-DBxref:ISS.]) ! [uniprot-DBxref:IEP.]) ! [uniprot-DBxref:TAS.]) ! [uniprot-DBxref:IDA.]) ! [uniprot-DBxref:NAS.]) > parent ))

Изображение Arabidopsis thaliana:

При выполнении задания использовалась общепринятая иерархиия кодов доказательств, согласно которой наличие самых плохих доказательств соответствует коду IEA (взятые из какой-либо базы данных без проверки куратором), самыми хорошими доказательствами функции являются коды IDA (получены в результате исследования) и TAS (согласно утверждению автора).У локализованных в аппарате Гольджи белков Arabidopsis thaliana, аннотированных в GO, присутствовал в большинстве случаев код IEA(5278 против 27), что соответствует плохому качеству аннотации.

Описание функции белка IDH_ECOLI с помощью ресурсов EcoCyc

Белок Idh_Ecoli является ферментом: изоцитрат дегидрогеназы.

Изоцитрат дегидрогеназа - первый бактериальный фермент, показанный, чтобы регулировать фосфорилирование и дефосфорилирование.

Катализируемая реакция: isocitrate + NADP⁺ <=> NADPH + α-ketoglutarate + CO₂
Эта реакция обратима.

	Количество белков	Запрос в SRS
Всего	49557	(([uniprot-Organism:Arabidopsis] & [uniprot-Organism:thaliana]) \| [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	5346	((([uniprot-Organism:Arabidopsis] & [uniprot-Organism:thaliana]) \| [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana]) & (((([uniprot-DBxref:C:] & [uniprot-DBxref:P:]) & [uniprot-DBxref:F:]) \| [uniprot-DBxref:C: P: F:*])
В том числе локализованных в аппарате Гольджи	11	((([uniprot-Organism:Arabidopsis] & [uniprot-Organism:thaliana]) \| [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana]) & ((([uniprot-DBxref:C:Golgi apparatus] & [uniprot-DBxref:P:]) & [uniprot-DBxref:F:])
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (TAS/IDA)	27	((((([uniprot-Organism:Arabidopsis] & [uniprot-Organism:thaliana]) \| [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana]) & ((([uniprot-DBxref:C:] & [uniprot-DBxref:P:]) & [uniprot-DBxref:F:]) > parent )) & ([uniprot-DbName:GO] > parent )) & ((((((((([uniprot-DBxref:TAS.] \| [uniprot-DBxref:IDA.]) ! [uniprot-DBxref:IMP.]) ! [uniprot-DBxref:IGI.]) ! [uniprot-DBxref:IPI.]) ! [uniprot-DBxref:ISS.]) ! [uniprot-DBxref:IEP.]) ! [uniprot-DBxref:NAS.]) ! [uniprot-DBxref:IEA.]) > parent )) " found 27 entries
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции (IEA)	5278	((([uniprot-Organism:Anopheles] & [uniprot-Organism:gambiae]) \| [uniprot-Organism:Anopheles gambiae]) & (((((((((((([uniprot-DBxref:C:Golgi apparatus] & [uniprot-DBxref:P:]) & [uniprot-DBxref:F:]) & [uniprot-DBxref:IEA.]) ! [uniprot-DBxref:IMP.]) ! [uniprot-DBxref:IGI.]) ! [uniprot-DBxref:IPI.]) ! [uniprot-DBxref:ISS.]) ! [uniprot-DBxref:IEP.]) ! [uniprot-DBxref:TAS.]) ! [uniprot-DBxref:IDA.]) ! [uniprot-DBxref:NAS.]) > parent ))